Les virus, bactéries et champignons sont souvent considérés comme des micro-organismes agressifs et invasifs pour le corps humain, ce qui n'est cependant pas l'exact reflet de la réalité. En fait, le corps humain est normalement colonisé par un grand nombre de germes qui constituent la « flore normale ». Il a été estimé qu'un individu adulte, homme ou femme, n'était qu'à 10 % humain. Il y a en effet 10^14 cellules chez un homme adulte, dont seules 10^13 sont humaines. Les 9 x 10^13 cellules restantes sont des bactéries, des champignons, des protozoaires ou appartiennent à des arthropodes de la flore normale.
De plus, certains virus peuvent infecter l'homme de façon persistante, et sont excrétés tout au long de la vie. Parmi eux, on trouve des Herpèsvirus comme le Cytomégalovirus, le virus Epstein-Barr, l'Herpèsvirus 6, de même que le virus de l'immunodéficience humaine (VIH). Leur place au sein de la flore normale est controversée.
In utero, le foetus reste microbiologiquement stérile. Le premier contact avec des microorganismes a lieu à la naissance lors du passage de la filière maternelle, puis lors de l'alimentation par le contact maternel. L'installation d'une flore normale et stable prend environ 2 à 3 semaines pour les enfants nés à terme et nourris au sein. Le processus est plus lent pour les prématurés et les enfants nourris au biberon, chez lesquels peut se produire une colonisation par une flore anormale.
La flore normale n'est pas répartie uniformément et certains sites sont normalement stériles (2). À leur niveau, la mise en évidence d'un micro-organisme signe une infection.
Les bactéries constituent la plus grande part de la flore normale, et les bactéries anaérobies prédominent dans la plupart des sites. Des bactéries potentiellement pathogènes peuvent aussi faire partie de la flore normale. Par exemple, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus et Neisseria meningitidis, qui peuvent être à l'origine de méningites bactériennes, colonisent la gorge de nombreux individus. L'infection survient quand ces micro-organismes accèdent à des sites normalement stériles.
Les champignons sont moins fréquemment rencontrés, par exemple Pityrosporon
(Malassezia) ovale sur la peau et Candida albicans dans la bouche et le vagin. Des protozoaires comme Entamoeba coli et Endolimax nana, parfois même certaines souches d’E. histolytica, peuvent être retrouvés dans l'intestin en l'absence de maladie. L'infection due aux cestodes Taenia solium, T. saginata ou Trichuria trichiuris est rarement symptomatique.
L'arthropode Demodex follicularum, comme son nom l'indique, se rencontre dans les follicules pileux et les glandes sébacées du visage.
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