jeudi 2 juin 2011

Histoire d’E.Coli


Escherichia coli, également appelé colibacille ou E. coli, est une bactérie intestinale des mammifères très commune chez l'être humain. Découverte en 1885 par Théodore Escherich, dans des selles de nourrissons, c'est un coliforme fécal généralement commensal. Cependant, certaines souches d’E. coli peuvent être pathogènes entraînant alors des gastro-entérites, infections urinaires, méningites, ou septicémies.
Théodore Escherich, en observant la fréquence des diarrhées néonatales, avait déjà posé la question de l’implication du colibacille dans les entérites. Après la Seconde Guerre mondiale, les connaissances ont convergé pour établir le concept de virulence de certaines souches de E. coli. Dans les années 1950, de nombreuses souches d’E. coli ont été incriminées en tant qu’agent étiologique de diarrhées infantiles. On sait maintenant que certaines souches « spécialisées » d’E. coli sont associées à des pathologies très diverses (y compris extra-intestinales), tant chez l’Homme que chez l’animal ; diarrhées, gastro-entérites, infections urinaires, méningites, septicémies, « maladie des hamburgers », le syndrome hémolytique et urémique etc.
En prévention, une surveillance des SHU a lieu au Centre National de Référence des E. coli, situé dans l’unité de Biodiversité des Bactéries Pathogènes Émergentes à l’Institut Pasteur (France), qui est chargé d’étudier les souches pathogènes.
Depuis les années 1950, les bactériologistes ont essayé, grâce aux différences antigéniques de E. coli, de subdiviser l’espèce en sérotypes en immunisant des lapins avec des antigènes somatiques et flagellaires. Le sérogroupage reste la méthode la plus utilisée actuellement.
Le sérotype est la combinaison des deux antigènes, somatique O et flagellaire H, (exemples : O157:H7 et O111:H8), alors que le sérogroupe n'est déterminé que par l’antigène O (exemple : O157, O111). Cependant le sérotype n’est pas suffisant pour caractériser les E. coli pathogènes. Chaque sérotype n’est pas nécessairement corrélé à la pathogénicité.
Depuis peu, un laboratoire de Californie (LS9) a expliqué qu'il utilise cette bactérie pour produire des hydrocarbures, technique qui sera peut-être à l'origine de la synthèse du pétrole Cette bactérie est encore depuis 2010 l'objet d'études en xénobiologie.

Les origines des concombres européens


LA POLLUTION ALIMENTAIRE


Depuis quelques décennies, la plupart des aliments que nous consommons ne se présentent plus sous leur aspect normal. Ils ont subi diverses modifications liées à
* L'adjonction d'additifs (tableau III).
* L'adjonction de produits administrés aux animaux et aux végétaux
* L'irradiation, dans certains cas.
Pour lutter contre cette dérive, le recours aux aliments biologiques est la meilleure arme. Nous envisagerons successivement tous ces sujets :

1. Les additifs alimentaires
Ils ont été recensés par CHAMBOLLE (1992) et sont extrêmement variés. Les plus employés sont les colorants, les conservateurs et les antioxygènes, en second lieu les émulsifiants, les épaississants, les gélifiants et les stabilisants.
Ces additifs sont souvent accusés de tous les maux et il est vrai qu'on ne connaît pas complètement leur action à long terme.
Cependant ils sont probablement beaucoup moins dangereux que certaines espèces chimiques nouvelles créées par la cuisson, sur le plan cancérigène comme l'a constaté DANG (1990) et sur bien d'autres plans également.


En effet, les additifs, même s'ils sont fort nombreux, sont bien répertoriés.
Des expériences ont été mises en évidence en laboratoire et sur les animaux pour vérifier leur innocuité. Des lois ont été promulguées pour limiter leur utilisation aux cas où ils sont « nécessaires » et pour limiter la dose au minimum.
2. Les produits administrés aux animaux et aux végétaux
L'élevage et l'agriculture sont dominés à notre époque par la notion de rendement, que l'on justifie par la nécessité de nourrir une population sans cesse croissante. Le nombre d'humains qui était de 2 milliards, il y a 70 ans, a franchi aujourd'hui la barre des 6 milliards. Il serait plus logique de diminuer le nombre des naissances et de conserver une alimentation de qualité.
Malheureusement c'est l'inverse qui se passe.
Au nom du sacro-saint rendement, les volailles et les animaux de boucherie reçoivent trop souvent :
* Des hormones, qui les font grossir.
* Des antibiotiques, qui accélèrent leur croissance de 3 à 7 %. En
France, les animaux absorbent quatre fois plus d'antibiotiques que les humains (!)
* Des tranquillisants, administrés avant l'abattage pour diminuer le stress qui fait noircir la viande et altère son goût.
* Des médicaments, dont beaucoup sont des molécules de synthèse n'existant pas dans la nature.
Les végétaux sont traités par les pesticides et les engrais, les mauvaises herbes sont éliminées par les herbicides. Ces mesures ont quintuplé la production des céréales qui est passée de 16 quintaux par hectare en 1985 à 80 quintaux par hectare en 1994. Mais l'on ne s'est guère préoccupé du devenir des diverses substances utilisées.
Ces pratiques néfastes sont théoriquement limitées par des lois. Mais celles-ci sont-elles vraiment applicables ?
* Il est plus malaisé de contrôler les actes de certains éleveurs et de certains agriculteurs que de doser un colorant ou un conservateur dans un aliment donné.
* Les produits employés sont extrêmement variés. Les médicaments et les pesticides se comptent par milliers. Les quantités de pesticides répandus un peu partout dans le monde sont colossales.
D'autres effets défavorables ont été constatés (BONDIL 1989), tels que la chélation de certaines vitamines et oligo-éléments dont le taux diminue dans les légumes et dans les fruits. La pollution des eaux par les nitrates est fréquemment constatée. J'ai parlé de ce problème au chapitre 3.
3. L'irradiation des aliments
Cette technique également appelée «ionisation y, qui est utilisée depuis les années 1980. Elle emploie les rayons X et les rayons y, qui n'ont rien de commun avec la radioactivité (CUQ et GUILBERT 1992). Elle vise plusieurs objectifs:
* Détruire les bactéries, les moisissures, les insectes sans recourir à des désinfectants chimiques toxiques.
* Ralentir le mûrissement de certains fruits et légumes.
* Bloquer la germination des pommes de terre, oignons et aulx.
Les buts principaux étant la salubrité et la conservation prolongée des produits.
Stériliser les aliments est devenu une obsession, car on admet les conceptions de Pasteur qui considère les germes comme non ennemis. En fait, les décès induits par des aliments infectés sont très rares, frappant presque toujours des sujets fragilisés par un déficit immunitaire. N'oublions pas que l'organisme humain a toujours cohabité avec de nombreux germes.
Nous vivons dans un univers bactériel, comme le font remarquer MARGULIS et Notre tube digestif contient 10 fois plus de bactéries que notre corps ne compte de cellules.
L'irradiation est donc d'utilité discutable, surtout elle entraîne plusieurs dangers:
* Elle détruit de nombreuses vitamines, en particulier A, B1, C et E.
* Elle transforme des nitrates inoffensifs en nitrites redoutables et en nitrosamines cancérigènes.
* Elle transforme des acides gras poly-insaturés utiles en substances, les unes toxiques, les autres cancérigènes.
* Elle produit des radicaux libres qui vont agresser les protéines, les casser et les recombiner en molécules parfois monstrueuses, souvent non dégradables par nos enzymes.
L'irradiation devrait être proscrite, car elle fait courir aux consommateurs des risques évidents à long et à moyen terme. Si l'on veut absolument conserver certains produits, il faut faire appel à d'autres techniques.
4. Le recours aux aliments biologiques
Ayant pris conscience de la dérive de plus en plus accentuée de l'élevage et de l'agriculture, de nombreuses personnes se tournent vers les aliments biologiques. OTT et coll. (1990) constatent que l'agriculture biologique n'est encore pratiquée que par moins de 1 % des paysans de la Communauté
Européenne. Cependant, ils lui prédisent un bel avenir, car la demande pour les produits naturels est de plus en plus forte. En France, l'agriculture biologique occupe seulement 0,3% des terres arables contre 11,2% en Autriche, leader européen. Elle devrait multiplier son territoire par 6 d'ici
2005, selon les prévisions des experts.
L'agriculture biologique a été officialisée en France par une loi en 1980, complétée par une loi en 1988, et en Europe par un règlement en 1991. Le terme agriculture biologique inclue agriculture + élevage. Des cahiers de charges très précis doivent être respectés. Le label AB (agriculture
biologique) n'est accordé qu'après des contrôles très stricts effectués au moins une fois par an par un organisme agréé. Les principales exigences sont :
a) Pour l'agriculture :
* L'interdiction des désherbants, pesticides, insecticides remplacés par des moyens naturels comme les insectes prédateurs.
* L'interdiction des produits chimiques de synthèse, sauf dans des cas très particuliers et très précis, remplacés par des engrais verts ou du fumier de ferme.
* La rotation des cultures avec changement de la plante cultivée tous les deux ans.
b) Pour l'élevage :
* L'interdiction de la claustration des animaux.
* Une nourriture majoritairement biologique.
* Une limitation stricte des antibiotiques.
De nombreuses variétés d'aliments peuvent aujourd'hui être produits de façon biologique : fruits, légumes, oeufs, viandes, vins, céréales et laits animaux. Les poissons issus de l'aquaculture restent encore en dehors du circuit, ce qui est regrettable car ils reçoivent souvent des farines et des antibiotiques à fortes doses.
Les aliments biologiques ne sont pas parfaits, car la pollution a envahi toute la planète. Des composés organochlorés provenant de polluants et de pesticides se volatilisent et sont emportés par les vents dans des régions très éloignées (BLAIS et coll. 1998). Cependant la production biologique a deux grands avantages :
* Fournir des aliments corrects pour la santé, souvent savoureux et dépourvus ou presque d'OGM (taux inférieur à 1 %).
* Respecter l'environnement, seul moyen de préserver l'avenir des générations futures.
Les produits biologiques coûtent en moyenne 40 % plus chers que les produits classiques.
Le terme « biologique » doit cependant susciter des réflexions, car il signifie simplement « élevé ou cultivé dans des conditions naturelles ».
Nous avons vu que le blé, le maïs, les laits animaux, même obtenus de cette façon restent dangereux, en raison de leur structure. D'autre part, peut-on considérer comme valables les animaux qui ont absorbé ces aliments nocifs, tels les poulets nourris au maïs ?
C'est pourquoi BURGER (1988) a écarté le concept de « biologique » ou « naturel » au profit du concept « originel ». Pour lui, seules conviennent les substances originelles, identiques à celles que mangeaient nos ancêtres préhistoriques. Par exemple, la viande de taureau provenant des pâturages de Camargue est un aliment originel. préconise une agriculture biologique très pure où les seuls éléments que l'on peut ajouter au sol sont :
* Les poudres de roches primitives qui apportent dans leur équilibre naturel tous les minéraux nécessaires aux plantes.
* La fumure organique constituée par les déchets d'êtres vivants : restes d'abattoirs, composts urbains.
* L'inoculation de bactéries symbiotiques autour des racines.

La bactérie mortelle E.coli en 6 questions



Quelle est cette bactérie ?
Il s'agit de la bactérie (au nom barbare) E.coli 0104. Sa souche, qualifiée de "très rare" par l'OMS, vient d'être identifiée par le Centre européen pour la prévention et le contrôle des maladies (ECDC), indique Le Parisien. Cela devrait permettre aux autorités sanitaires de reprendre le contrôle de la situation et de réorienter leurs recherches sur cette bactérie, même si son canal de transmission précis est toujours inconnu.

Où se situe le foyer de la bactérie ?
Il trouve son origine en Allemagne, et plus particulièrement dans la région de la ville d'Hambourg, note Le Figaro. Mais cette bactérie s'est déjà répandue dans plusieurs pays d'Europe : Grande-Bretagne, France, Suède, Danemark, Suisse, Espagne.

Quel est le bilan au 2 juin ?
E-coli a déjà fait 18 morts en Europe, 17 en Allemagne, 1 en Suède. Ce sont maintenant près de 2.000 personnes qui sont contaminées. En France, 3 cas ont été détectés, en Bretagne. Mercredi, une personne est morte dans les Vosges après avoir mangé un sandwich. Finalement, son décès, après avoir été soupçonné d'être lié à la bactérie, ne l'est pas, après l'autopsie.

Comment se traduit la contamination ?
Diarrhées (parfois sanglantes), maux de tête, vives douleurs abdominales. Sa complication la plus grave, celle qui entraîne la mort, est le syndrome hémolytique et urémique (SHU), explique Le Parisien. La "maladie" s'attrape essentiellement en mangeant des aliments infectés, mais aussi au contact humain direct, uniquement via les matières fécales. L'incubation est de une à deux semaines.

Quels sont les produits à risques ?
La viande, consommée crue ou insuffisamment cuite -la viande hachée par exemple-, le lait cru ou les produits laitiers au lait cru, ainsi que les végétaux consommés crus, énumère Le JDD.

Le concombre espagnol est-il encore suspect ?
Non, celui-ci a été disculpé, la commission européenne ayant levé la mise en garde contre le légume espagnol, après une batterie de tests. Toute cette histoire n'a pas plu au chef du gouvernement espagnol. José Luis Rodriguez Zapatero va demander "un dédommagement" pour le préjudice subi par son agriculture, après que les concombres espagnols ont été soupçonnés d'avoir provoqué cette contamination, écrit Le Point.

L'E.coli détectée en Europe est une nouvelle souche très toxique



Echantillon de la bactérie Escherichia coli (E.coli) dans un laboratoire de l'université Eppendorf à Hambourg. Selon des scientifiques, l'E.coli qui a provoqué une flambée épidémique meurtrière en Allemagne est une nouvelle souche bactérienne hautement toxique. (Reuters/Fabian Bimmer)
Des scientifiques chinois, qui ont analysé le génome de la souche qui a fait 17 morts et contaminé 1.500 personnes dans une dizaine de pays européens, ont noté qu'il contenait des gènes qui rendent la souche résistante à certaines classes d'antibiotiques.
"C'est une nouvelle souche bactérienne hautement infectieuse et toxique", ont déclaré ces scientifiques de l'Institut du génome de Pékin.
Dans un communiqué, ils ont précisé que cette bactérie était liée à une autre souche d'E.coli, l'EAEC 55989, qui a été précédemment isolée en Afrique centrale.
A l'Organisation mondiale de la santé (OMS), une porte-parole a fait savoir que la souche "n'avait jamais été observée dans une situation épidémique auparavant".
Les experts de l'Union européenne disent avoir été surpris par l'ampleur de l'épidémie, qui a atteint les Etats-Unis avec trois cas signalés. Tous les malades habitent en Allemagne ou reviennent d'un séjour dans ce pays.
Face à l'épidémie, la Russie a interdit jeudi l'importation de légumes frais en provenance de l'Union européenne, provoquant une vive réaction de Bruxelles.
Moscou avait déjà interdit les importations de légumes en provenance d'Allemagne et d'Espagne pour échapper à l'épidémie, que les autorités de Hambourg, épicentre de la crise, ont imputée à des concombres espagnols avant que Berlin ne démente.
Cité par l'agence de presse Interfax, Guennadi Onichtchenko, directeur de l'agence russe de défense des consommateurs, a indiqué que l'interdiction avait pris effet jeudi matin.
Un porte-parole de la Commission européenne a répondu que le commissaire à la Santé John Dalli enverrait "une lettre aux autorités russes dans les heures qui viennent pour dire que c'(était) disproportionné".
La Pologne, qui est avec l'Allemagne et la France l'un des premiers pays exportateurs de fruits et légumes vers la Russie, a estimé que la réaction de Moscou était "excessive étant donné le risque".
"Mais nous devons aussi admettre qu'il nous a fallu trop de temps en Europe pour savoir ce qu'il se passait", a indiqué le ministre polonais de l'Agriculture, Marek Sawicki, lors d'une conférence de presse à Varsovie.
Pointée du doigt dans un premier temps par l'Allemagne avant que ses concombres ne soient mis hors de cause, l'Espagne a demandé des dédommagements pour le préjudice subi par les producteurs de fruits et légumes qui évaluent les pertes à environ 200 millions d'euros par semaine.
Le président du gouvernement espagnol, José Luis Rodriguez Zapatero, a estimé que la Commission européenne avait tardé à réagir.
"J'aurais aimé une réaction plus claire de la Commission", a-t-il déclaré dans une interview à la radio RNE. "Le gouvernement allemand devrait savoir qu'il a une responsabilité envers les autres membres de l'Union européenne et nous demanderons de plus amples explications et des dédommagements suffisants."
L'Institut Robert Koch (RKI), établissement de référence en Allemagne pour la santé publique, a indiqué jeudi que la source exacte de la maladie ne serait peut-être jamais découverte.
Les experts de la santé recommandent aux personnes vivant en Allemagne ou y voyageant d'éviter de consommer des tomates, des concombres ou des salades crus.
"Toute personne revenant d'Allemagne avec une maladie, dont une diarrhée sanglante, doit faire l'objet de toute urgence d'une attention médicale", a indiqué l'agence nationale britannique de protection de la santé.
Selon l'OMS, des cas ont été détectés en Autriche, au Danemark, en France, aux Pays-Bas, en Norvège, en Espagne, en Suède, en Suisse et en Grande-Bretagne.